Le projet a cependant dû faire face à des écueils puisque l’association de Société pour la protection des paysages et de l’esthétique de France avait déposé un recours en 2013 à l’encontre de la ville de Paris, contestant l’attribution de permis de construire au groupe LVMH. L’organisation avait émis des réserves concernant la conformité du projet de La Samaritaine avec les règles d’urbanisme et s’inquiétait de l’aspect résolument moderne du futur site. En cause, l’une des façades du nouveau site qui prend la forme d’une vague ondulante en verre.
Le 13 mai 2014 le tribunal administratif a tranché, le permis de construire de « l’Ilot Rivoli » qui abrite la partie problématique, s’est vu annulé. Le permis de construire de l’autre partie de La Samaritaine, l’Ilot Seine avait quant à lui fait l’objet d’un verdict favorable le 11 avril dernier, permettant ainsi la poursuite des travaux.
Cette annulation est problématique dans la mesure où elle entraînera un retard significatif dans un projet de rénovation déjà repoussé à plusieurs reprises. Initialement prévue en 2015, la réouverture de La Samaritaine ne devrait pas avoir lieu avant 2016 voire 2017.
Les travaux effectués, dont le coût avoisine les 460 millions d’euros, devaient donner naissance à un ensemble architectural moderne abritant 2000 m² consacrés aux montres, un hôtel de luxe Cheval Blanc, des bureaux, des logements sociaux ainsi qu’une crèche. Ils devaient en outre permettre la création de 2100 emplois.